05.11.2026 · Fachbeitrag · E-Rechnung

E-Rechnung: Für die meisten Apotheken wird es 2027 ernst!

von Dipl.-Finanzwirt Marvin Gummels, Hage

Seit dem 01.01.2025 müssen Apotheken in der Lage sein, E-Rechnungen zu empfangen. Für die Ausstellung von E-Rechnungen im B2B-Bereich gelten jedoch Übergangsregelungen. Für viele Apotheken laufen diese zum 31.12.2026 aus. Apotheker sollten daher prüfen, ob ihre Software für die Umstellung gerüstet ist.

Ausgangsrechnungen: Welche Apotheken müssen ab 2027 umstellen?

Die seit 2025 geltende Regelung zum Empfang von E-Rechnungen (siehe auch AH 11/2024, Seite 17) betrifft grundsätzlich steuerpflichtige Lieferungen und sonstige Leistungen zwischen inländischen Unternehmern, die für deren unternehmerischen Bereich erbracht werden. Für Apotheken kann die E-Rechnungspflicht z. B. bei Lieferungen an Arztpraxen, Kliniken oder Pflegeeinrichtungen relevant sein. Für die Ausstellung von Ausgangsrechnungen wurden jedoch Übergangsregelungen geschaffen. Entscheidend ist der Gesamtumsatz des Rechnungsausstellers im vorangegangenen Kalenderjahr. Beträgt dieser 2026 mehr als 800.000 Euro, endet die allgemeine Übergangsfrist am 31.12.2026. Für B2B-Umsätze, die ab dem 01.01.2027 ausgeführt werden, müssen dann grundsätzlich strukturierte E-Rechnungen ausgestellt und übermittelt werden. Bei einem geringeren Umsatz darf dagegen noch bis Ende 2027 eine sonstige Rechnung ausgestellt werden.

Was Apotheken jetzt prüfen sollten

Zunächst sollte anhand des voraussichtlichen Gesamtumsatzes des Jahres 2026 geklärt werden, ob die Pflicht zur Ausstellung von E-Rechnungen bereits ab 2027 greift. Anschließend empfiehlt sich eine Abstimmung mit dem Softwareanbieter und dem Steuerberater. Insbesondere folgende Punkte sollten geprüft werden: